Обычно хватает синфазного дросселя. Дифференциальный - для особых гурманов. Вы, я так понимаю, вместо дифференциального ставите два отдельных дросселя. В этом случае направление намотки неважно.
Большой двойной дроссель тоже опасаюсь что подключен неправильно
Это вы так синфазный называете?. Ну, здесь идея такая. Надо включить обмотки так, чтобы при протекании через них рабочего (дифференциального) тока, магнитные поля, создаваемые каждой обмоткой, взаимно скомпенсировались. При этом индуктивность будет стремиться к нулю и не будет препятствовать прохождению тока. В то же время синфазный ток (ток помехи) будет течь по этим обмоткам параллельно. Возвратный ток будет идти через землю. В этом случае магнитные потоки складываются, что приводит к росту индуктивности и следовательно к фильтрации синфазной помехи.
Справедливости ради надо сказать, что такую фильтрацию используют для защиты сети от помех, которые зарождаются в вашем устройстве, а не для того, чтобы защитить ваше устройство от помех сети! У вас своих помех предостаточно, чего это вам еще бояться помех из сети! Вот если бы у вас был классический ИП с тр-ом на 50Гц, тогда да, можно было бы и испугаться помех из сети. А для импульсного ничего не страшно. Поэтому я вам и говорю, что дифференциальный фильтр про который вы спросили вначале, нет особого смысла ставить. Если только вы не большой поборник экологии и сильно печетесь за чистоту общей сети.
Обычно это все хорошо работает в трехпроводных сетях с земляным проводом. Также обязателен конденсатор между первичной и вторичной цепями импульсного трансформатора.